Membuat Bentuk Molekul dengan Hyperchem
Hyperchem adalah salah satu aplikasi kimia komputasi
yang relatif mudah untuk digunakan karena sifatnya yang langsung bisa
menunjukkan tampilan dari apa yang hendak kita buat. Meskipun demikian ini
hanyalah sekelumit tentang kemampuan Hyperchem yang bisa dimanfaatkan dalam
pembuatan media belajar yang sederhana namun secara komputasi kimia dibenarkan.
Tentu saja kalau semua kita lakukan dengan benar, tidak asal gambar, seperti
sebelum menggunakan software layaknya Hyperchem ini.
Ok kembali ke tujuan semula, saya akan praktikkan
menggambar molekul PCl5 menggunakan Software Hyperchem 8.
1. Dengan
menggunakan Windows, kita mulai dari klik Start, All Program, Hyperchem
Release x, Hyperchem.
2. Selanjutnya
ikuti langkah pada gambar berikut.
3. Ini hasilnya
setelah dipilih Atom P dan di-klik-kan pada area kerja.
4.
Berikutnya add hidrogen dari menu Build kemudian klik Add
hidrogen untuk memunculkan atom H, meskipun atom H tampilannya bertumpuk
kita bisa memutar dengan klik tool rotate out of plane sesuai langkah
yang terterah pada gambar. Cara menyeleksi atom H yang akan diganti dengan Cl
adalah dengan klik tool select hingga berubah warna.
5. Selanjutnya
ubah atom H dengan atom Cl hingga atom H menjadi Cl, caranya klik menu Build,
Default Element (akan muncul semacam tabel periodik dan pilih Cl), klik-kan
tepat di tengah bulatan seleksi atom H tadi, kalau sudah berubah menjadi Cl
artinya sudah terganti H menjadi Cl. Lakukan pada semua H sebagaimana yang
diinginkan.
6. Lakukan
optimasi geometri agar bentuk molekulnya menjadi benar secara kimia komputasi
dengan standar hitungan dengan menggunakan salah satu metode, misalnya di sini
saya gunakan metode Molecular Mechanic. Klik menu Setup pada menu
bar. Klik Molecular Mechanic hingga tercentang terus klik Ok.
7. Selanjutnya
kita lakukan optimasi geomteri terhadap bentuk molekul yang kita buat. Klik
menu Compute, Klik Geometry Optimation… dan klik Ok saja
begitu menu pop-up muncul. Selanjutnya tunggu hingga proses optimasi selesai
yang ditandai dengan Converged = YES. (ini ada pada bagian status bar, terletak
dibagian bawah layar kerja Hyperchem.
8. Berikut kalau
kita ingin menampilkan hasil dalam berbagai model, seperti yang ditawarkan pada
menu Display, Rendering, pilih metode rendering yang kita inginkan.
9. Berikut tampilan beberapa hasil rendering:
Stick
Tube
Ball
Demikian cara menggambar bentuk
molekul dengan menggunakan Hyperchem 8.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar