AVOGADRO
Avogadro adalah salah satu aplikasi editor molekul yang bisa
dikatakan canggih, dimana aplikasi ini dirancang untuk berbagai jenis
platform sistem operasi, yang salah satunya adalah sistem operasi Linux
BlankOn. Aplikasi ini digunakan dalam kimia komputasi, pemodelan molekul,
bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait.
Avogadro merupakan software kimia gratis, open source,
tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang
dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan
molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro
yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode
sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus
dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan
yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.
Avogadro,
terdapat juga beberapa imformasi yang dapat memberikan para calon pengguna
informasi tentang Avogadro. Informasi – infromasi yang di dapat pada situs
www.avogadro.cc misalnya saja yaitu dari cara menginstal aplikasi Avogadro,
menggunakan aplikasi Avogadro dan masih banyak lagi yang lainnya ( Anonim,2014
).
Selain dapat dijalankan diberbagai system operasi, aplikasi Avogadro ini memilki beberapa fungsi. Fungsi dari aplikasi Avogadro ini adalah sebagai berikut :
Selain dapat dijalankan diberbagai system operasi, aplikasi Avogadro ini memilki beberapa fungsi. Fungsi dari aplikasi Avogadro ini adalah sebagai berikut :
1.
Inovatif “auti-optimation”. Sebuah aplikasi
yang memungkinkan untuk terus
membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molecular.
2.
Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk
diperpanjang dan disesuaikan
3.
Embedden interpreter Python
4.
Cepat : Mendukung multi-threaded rendering dan
komputasi
5.
Extensible : Plugin arsitektur bagu pengembang
termasuk rendering, tool interaktif, perintah dan skrip Python
6.
Fleksibel : Fitur Open Bable yang dapat
digunakan untuk import file – file kimia lainnya, input untuk beberapa paket
kimia komutasi, kristalografi dan biomolekul.
( Anonim,2014 ).
( Anonim,2014 ).
Menginstal Avogadro
sangat gampang yaitu silakan hasil downloadan avogadro dibuka lalu klik run
kemudian akan muncul kotak dialog seperti dibawah ini.
1. Klik kolom next yang
terdapat dibawah dan kotak dialog selanjutnya akan muncul seperti dibawah ini.
2. Klik “ I agree ” sebagai
tanda bahwa anda setuju dan akan muncul kotak dialog seperti dibawah ini.
3. Klik next dan akan
muncul kotak dialog seperti dibawah ini
4. Kotak dialog diatas
bertujuan untuk tempat dimana software avogadro ini akan di munculkan.
5. Software avogadro diatas
diletakkan di program file yang berada pada hardisk c dan jika ingin mengganti
tempat klik browse dan pilih akan diletakkan dimana software avogadro. Setelah
sesuai dengan keinginan maka langsung klik next dan akan muncul kotak dialog
dibawah ini.
6. Kotak dialog diatas
menunjukkan bahwa program avogadro sedang proses penginstalan dan tunggu
beberapa detik dan akan muncul kotak dialog seperti dibawah ini.
7. Kotak dialog diatas akan
muncul jika proses penginstalan telah selesai. Dan klik finish maka program
avogadro telah siap untuk digunakan.
8. Program Avogadro yang
telah di instal di klik jika akan digunakan. Tampilan awal dari Avogadro
seperti di bawah ini.
9. Langsung saja
misalnyajika ingin membuat struktutr molekul dari CH3COOH. tinggal klik atom –
atom yang akan digunakan pada menu yang ada di sebelah kiri. Dan hasil yang di
dapat setelah dibuat struktur molekulnya adalah seperti di bawah ini.
Hasil yang ditunjukan pada gambar diatas belum tepat.
Hasil yang ditunjukan pada gambar diatas belum tepat.
10. Klik Auto Optimization
Tools dan kemudian klik start untuk mentepatkan posisi. Pentetapan ditujukan
agar dapat mengetahui sudut ikatan dan hasil yang di dapat adalah sebagai
berikut.
Dengan aplikasi ini kita dapat dengan mudah membuat animasi senyawa
tertentu seperti yang diinginkan sekaligus melakukan editing dari senyawa yang
telah kita rancang.
Apa yang dapat dilakukan Avogadro?
1.
Dapat
melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data\
2.
bank) atau PubChem
(database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap
uji biologis)
3.
Inovatif
“auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan
memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
4.
Antarmuka
untuk banyak paket komputasi umum.
5.
Plugin
yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
6.
Embedded
interpreter Python.
7.
Terjemahan
tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa
Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
8. Cross-Platform: Molekul pembangun /
editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
9.
Intuitif:
Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
10. Cepat: Mendukung multi-threaded
rendering dan komputasi.
11. Extensible: Plugin arsitektur bagi
pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
12. Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat
digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia
komputasi, kristalografi, dan biomolekul.
13.
Lalu
bagaimana cara menggunakan aplikasi ini? dalam pengoperasian aplikasi ini dapat
dikatakan tidak sulit, dan disini saya akan menjelaskan langkah demi langkah
pengoperasian aplikasi ini.
Pada
artikel ini saya akan membuat bentuk struktur molekul glukosa denganavogadro.Untuk memulai aplikasi ini, pertama, tentu
kita harus membuka aplikasi Avogadro. dimana tampilan awal dari aplikasi ini
seperti ditunjukkan pada gambar dibawah ini.
Untuk mebuat bentuk molekul glukosa pertama-tama kita
klik Tool Setting, kemudian pada kolom Element kita ambil atom karbon, pada Bond Order pilih single, kemudian
klik pada layar gambar, tahan dan geser hingga terbentuk ikatan antar atom.
Apabila
atom yang kita inginkan tidak ada pada list, maka kita dapat klik other untuk
memunculkan tabel periodik unsur dan memilih atom yang kita inginkan dengan
meng-klik atom tersebut.
Buat
6 buah atomk karbon yang saling berikatan seperti pada gambar berikut :
Selanjutnya
pilih atom oksigen dan gambarkan 6 atom oksigen seperti pada gambar berikut:
Selanjutnya
pilih atom hidrogen dan gambarkan seperti pada gambar berikut :
Dan
selesai. jadilah satu molekul glukosa yang terdiri dari atom karbon, oksigen
dan hidrogen.
Selanjutnya setelah molekul sudah kita buat, kita juga
bisa memanfaatkan toolbar dari aplikasi ini
untuk melihat secara lebih detil dari atom yang kita buat dengan penjelasan
masing-masing toolbar sebagai berikut :
fungsi ikon ini adalah untuk membuat
molekul serta membuat ikatan diantara atom- atom pada ruang gambar
fungsi ikon ini adalah untukmerotasi desain
molekul pada gerakan yang bebas
fungsi ikon ini adalah untuk menjalankan animasi
rotasi ke berbagai arah sesuai dengan garis arah mouse
fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain
molekul yang kita buat
Sekian penjelasan singkat saya mengenai aplikasi kimia
Avogadro yang dijalankan pada sistem operasi linux blankOn.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar